NaOCl gipoxlorit ioni tufayli kuchli antibakterial ta'sir ko'rsatadigan eng yaxshi ma'lum bo'lgan agentlardan biridir. U mikroorganizmlarni juda tez va allaqachon past konsentratsiyada o'ldiradi. Gipoxloritning eng yuqori bakteritsid qobiliyati neytral muhitda, HClO va ClO− gipoxlorit anionlarining kontsentratsiyalari taxminan teng bo'lganda namoyon bo'ladi ("Suvli eritmalarda gidroliz va parchalanish" bo'limiga qarang). Gipoxloritning parchalanishi bir qator faol zarrachalarning va ayniqsa yuqori biotsid ta'siriga ega bo'lgan yakka kislorodning shakllanishi bilan birga keladi [25]. Olingan zarralar mikroorganizmlarni yo'q qilishda ishtirok etadi, ularning tarkibida oksidlanish qobiliyatiga ega biopolimerlar bilan o'zaro ta'sir qiladi. Tadqiqotlar ushbu jarayon barcha yuqori organizmlarda tabiiy ravishda sodir bo'ladigan jarayonga o'xshashligini aniqladi. Ba'zi bir inson hujayralari (neytrofillar, gepatotsitlar va boshqalar) mikroorganizmlar va begona moddalar bilan kurashish uchun gipoxlor kislotani va ular bilan bog'liq bo'lgan juda faol radikallarni sintez qiladilar [26]. Kandidozni keltirib chiqaradigan xamirturushga o'xshash qo'ziqorinlar, Candida albicans, NaOCl 5.0-0.5% eritmasi ta'sirida 30 sekund ichida in vitroda o'ladi; faol moddaning konsentratsiyasi 0,05% dan past bo'lganda, ular ta'sir qilishdan 24 soat o'tgach barqarorlikni namoyish etadilar. Enterokokklar natriy gipoxloritiga nisbatan ko'proq chidamli. Masalan, patogen Enterococcus faecalis [K 10] 5,25% eritma bilan davolashdan 30 soniyadan keyin va 0,5% eritma bilan davolashdan 30 minut o'tgach nobud bo'ladi. Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas endodontalis va Prevotella intermedia [K 11] kabi gram-manfiy anaerob bakteriyalar NaOCl 5.0-0.5% eritmasi bilan davolashdan keyin 15 soniya ichida nobud bo'ladi [27]. Natriy gipoxloritining yuqori biotsid faolligiga qaramay, ba'zi potentsial xavfli oddiy organizmlar, masalan, giardiaz yoki kriptosporidioz patogenlari [28] uning ta'siriga chidamli ekanligini yodda tutish kerak. Natriy gipoxloritning yuqori oksidlanish xususiyatlari uni turli toksinlarni zararsizlantirishda muvaffaqiyatli ishlatilishiga imkon beradi. Quyidagi jadvalda toksinlarni inaktivatsiyalash natijalari 30 daqiqali NaOCl kontsentratsiyasining 30 daqiqali ta'siridan so'ng ko'rsatilgan ("+" - toksin inaktivlangan; "-" - toksin faol bo'lib qolgan) [29]: